Emisije dostižu nulto zagađenje
Štetni gasovi u izduvnim gasovima koje emituje motor sa unutrašnjim sagorevanjem, zagađenje životne sredine je fatalni nedostatak vozila sa motorom sa unutrašnjim sagorevanjem. Iako su poduzete razne interne i eksterne tehničke mjere, može doći samo do nivoa "niskog zagađenja". Zbog motora sa unutrašnjim sagorevanjem Broj automobila je ogroman, a čak i "niska zagađenost" ima ogroman uticaj na životnu sredinu Zemlje. Motor na gorive ćelije koji koristi vodonik kao gorivo uglavnom proizvodi vodu, što spada u "nultu zagađenost".
Motori na gorivne ćelije koji koriste ugljovodonike kao goriva uglavnom proizvode vodu, ugljični dioksid i ugljični monoksid, koji spadaju u "ultra-nisko zagađenje". Zbog zahtjeva zaštite okoliša i potrage za novim izvorima energije, motori na gorive ćelije su idealni pogonski uređaji i mogu postepeno zamijeniti naftu kao glavni izvor energije za vozila.