U teoriji, sa zelenim vodonikom možete učiniti mnogo korisnih stvari. Možete ga dodati prirodnom plinu i spaliti u termoelektranama ili toplanama. Možete ga koristiti kao prekursor za druge nosioce energije, od amonijaka do sintetičkih ugljovodonika, ili direktno za napajanje gorivnih ćelija u automobilima i brodovima. Prvo, možete ga jednostavno koristiti za zamjenu industrijskog vodonika, koji se proizvodi od prirodnog plina, oko 10 miliona tona godišnje samo u SAD-u.
Glavno pitanje za ispunjavanje svih ovih potencijalnih tržišta je kako doći do zelenog vodonika tamo gdje je to potrebno. Skladištenje i transport lako zapaljivog gasa nije lako; zauzima puno prostora i ima svojstva zbog kojih čelične cijevi i zavareni dijelovi postaju lomljivi i propadaju. Zbog toga će transport vodonika velikih razmjera zahtijevati namjenske cjevovode, čija će izgradnja biti skupa da bi se gas pod pritiskom ili ohladio u tečnost. Posljednja dva procesa su energetski intenzivna i dodatno će narušiti povratnu efikasnost zelenog vodonika koji je već oskudan.
