Glavna razlika je razlika u aktivnom materijalu. Aktivni materijal sekundarne baterije je reverzibilan, dok aktivni materijal primarne baterije nije reverzibilan. Samopražnjenje primarne baterije je mnogo manje nego kod sekundarne baterije, ali je unutrašnji otpor mnogo veći od otpora sekundarne baterije, pa je kapacitet opterećenja manji.
Osim toga, specifični kapacitet mase i zapreminski specifični kapacitet primarne baterije su veći od općih punjivih baterija.
